据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
I-Machine——那是在极限环境下作业的大型机器人的总称。 联盟学院学生三栗麻耶在使用I-Machine的途中被卷入事故， 得到驾驶着I-Machine、如同海贼一般挖掘欧利哈特矿石的埃斯卡维特公司的宇宙船的帮助，并演变成要身为公司的一员进行工作的局面……。 在各有特点的成员们当中生活的同时，麻耶开始逐渐了解何为“人类”。
副会长四宫辉夜与学生会长白银御行在秀知院学园的学生会相遇，两名天才在历经了漫长的恋爱头脑战后，终于向对方表达了自己的心意，在“奉心祭”首度接吻。然而两人还是没有做出明确的告白，原以为就要成为恋人了，但却依然维持着暧昧关系，反而变得更加在意彼此，两人就这么迎向了圣诞节。“渴望变得完美”的白银，与追求他的“不完美”的辉夜，这是天才们极其“普通”的恋爱故事
